Por anos se esperava que o governo construísse uma ponte ligando os dois estados ( SP/MS) para que então, a E.F.A. pudesse seguir adiante com seus trilhos. Há relatos em que a intenção da Cia. era avançar até a capital do MT - Cuiabá, porém, em 1973 com a construção da barragem de Ilha Solteira, a E.F.A transferia o ponto final de sua linha para a cidade de Santa Fé do Sul.
Estaria então, determinado o fim da estação de Presid. Vargas que ficou submersa.
O prédio da estação foi destruído e sobraram apenas os pilares de sustentação do telhado da plataforma que ainda se encontram por lá e que em época de seca do rio ( que são raras) consegue-se avistar os mesmos.
